📖 約 5 分 ／ 2026.08.23 更新
医療機関M&Aで不動産が絡む場合に発生する税金（譲渡所得税・登録免許税・不動産取得税・固定資産税清算）を網羅的に解説。CentralMedienceグループの税理士・不動産専門家連携で最適化。
1. 医療機関M&Aで不動産が問題になる理由
医療機関の事業承継・M&Aでは、診療所・クリニック・病院が立地する土地建物の取扱いが譲渡価格・スキーム設計に大きな影響を与えます。譲渡対象が「医療法人本体」なのか「事業のみ」なのか、土地建物が「医療法人所有」なのか「院長個人所有」なのか、「自社所有」なのか「賃貸」なのか、組合わせ次第で実務は大きく変わります。
厚生労働省の医療施設動態調査・固定資産税評価データによれば、医療機関の不動産価値は譲渡対価全体の30〜70%を占めるケースも珍しくありません。つまり、不動産の評価・取扱いを誤ると譲渡対価で数千万円の差が発生し得ます。
2. 不動産が絡む医療M&Aの主要論点
- 所有形態の整理：医療法人所有／院長個人所有／賃貸物件／親族法人所有など
- 不動産価値の適正評価：路線価・収益還元法・取引事例比較法・原価法の組合わせ
- 抵当権・担保の処理：借入金完済・抹消登記・新規担保設定のスケジューリング
- 賃貸借契約の引継ぎ：貸主との合意・新規契約締結・原状回復条項
- 不動産税務：譲渡所得税・登録免許税・不動産取得税・固定資産税清算
- 用途・建ぺい率・容積率の確認：医療施設としての用途継続可否
- 建物の老朽化評価：耐震性・修繕積立・大規模修繕履歴
3. M&Aで発生する不動産税金
| 税目 | 負担者 | 税率・計算 |
|---|---|---|
| 譲渡所得税 | 売主 | 分離課税：所有期間5年超で20.315% |
| 登録免許税 | 買主 | 所有権移転2%（土地は1.5%軽減措置） |
| 不動産取得税 | 買主 | 固定資産税評価額の3〜4% |
| 固定資産税清算 | 日割り按分 | 1月1日基準で按分清算 |
| 印紙税 | 契約書当事者 | 契約金額により1万〜10万円 |
4. なぜ不動産連携体制が重要なのか
医療機関M&Aでは、医療法・税法・不動産法の各論点が複雑に絡みます。不動産取引のミスは譲渡価格を数千万円単位で下げかねず、譲渡側にとって取り返しのつかない損失となります。
適切な不動産会社との連携は必須ですが、外部に依頼すると情報共有のロスや責任所在の曖昧さが発生しやすく、譲渡側のストレスも増えます。CentralMedienceグループには医療M&A専門のM&Aメディカル × 不動産売買の専門会社 × 税理士・司法書士ネットワークが揃っており、ワンストップでスムーズな承継を実現します。
よくあるご質問
Q. 医療法人と院長個人で不動産所有が混在しています。整理は可能ですか？
A. 可能です。M&A前の所有形態整理（個人→法人または法人→個人）から、譲渡時の同時処理まで、CentralMedienceグループの税理士・不動産専門家が最適スキームを設計します。
Q. 賃貸クリニックでも譲渡できますか？
A. 可能です。貸主との同意取得・新賃借人との契約締結を含めて、当グループの不動産専門チームが全面サポートします。
Q. 地方の医療機関でも適正な不動産評価ができますか？
A. はい。地方案件の評価実績が豊富で、取引事例の少ない地域でも収益還元法・原価法を組合わせた現実的な評価を提供します。
Q. 譲受側への融資紹介も可能ですか？
A. グループ内の金融機関ネットワークを活用し、譲受側の資金調達もご支援可能です。
Q. 土地建物の評価だけでも依頼できますか？
A. 可能です。M&Aを前提としない単独査定にも対応しております。お気軽にお問い合わせください。
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よくある質問
医療機関のM&Aで不動産を譲渡した場合、譲渡所得税の計算方法や適用される税率はどのようになりますか？
医療機関M&Aにおける不動産譲渡では、譲渡所得税が課されます。譲渡所得は、譲渡収入から取得費と譲渡費用を差し引いて算出されます。税率は、不動産の所有期間によって異なり、長期譲渡所得（所有期間5年超）と短期譲渡所得（所有期間5年以下）で適用される税率が大きく異なります。一般的に、長期譲渡所得の方が低い税率が適用される傾向にあります。具体的な税額は、個別の状況や特例の適用有無により変動するため、税理士等の専門家への相談が推奨されます。
医療機関のM&Aで不動産を取得する際、登録免許税や不動産取得税はどの程度発生しますか？
医療機関M&Aで不動産を取得する側は、所有権移転登記時に登録免許税、そして不動産取得後に不動産取得税が課されます。登録免許税は、不動産の固定資産税評価額に一定の税率を乗じて算出され、売買による移転の場合、一般的に土地・建物で異なる税率が適用されます。不動産取得税も固定資産税評価額を基に算出されますが、軽減措置が適用されるケースもあります。これらの税額は、不動産の評価額や種類、取得の状況によって大きく変動するため、事前の試算と専門家への確認が重要です。
医療機関のM&Aで不動産を売却・購入する際、税務上の留意点や節税対策としてどのようなものがありますか？
医療機関M&Aにおける不動産の売買では、譲渡所得税、登録免許税、不動産取得税など複数の税金が関わります。売却側は、取得費や譲渡費用の正確な把握、特定の居住用財産を譲渡した場合の特例（要件あり）の適用可能性を検討することが重要です。購入側は、不動産取得税の軽減措置や、M&Aスキームによっては不動産を直接取得しない方法も選択肢となり得ます。これらの税務上の影響はM&Aのスキームや不動産の状況により大きく異なるため、M&Aの初期段階から税理士等の専門家と連携し、最適な税務戦略を立案することが肝要です。