📖 約 5 分 ／ 2026.08.23 更新
医院土地建物が院長個人所有のケースでは、M&A時に医療法人とは別建ての不動産取引が発生します。所有形態別の整理パターンと税務最適化、CentralMedienceグループの不動産連携を解説。
1. 医療機関M&Aで不動産が問題になる理由
医療機関の事業承継・M&Aでは、診療所・クリニック・病院が立地する土地建物の取扱いが譲渡価格・スキーム設計に大きな影響を与えます。譲渡対象が「医療法人本体」なのか「事業のみ」なのか、土地建物が「医療法人所有」なのか「院長個人所有」なのか、「自社所有」なのか「賃貸」なのか、組合わせ次第で実務は大きく変わります。
厚生労働省の医療施設動態調査・固定資産税評価データによれば、医療機関の不動産価値は譲渡対価全体の30〜70%を占めるケースも珍しくありません。つまり、不動産の評価・取扱いを誤ると譲渡対価で数千万円の差が発生し得ます。
2. 不動産が絡む医療M&Aの主要論点
- 所有形態の整理：医療法人所有／院長個人所有／賃貸物件／親族法人所有など
- 不動産価値の適正評価：路線価・収益還元法・取引事例比較法・原価法の組合わせ
- 抵当権・担保の処理：借入金完済・抹消登記・新規担保設定のスケジューリング
- 賃貸借契約の引継ぎ：貸主との合意・新規契約締結・原状回復条項
- 不動産税務：譲渡所得税・登録免許税・不動産取得税・固定資産税清算
- 用途・建ぺい率・容積率の確認：医療施設としての用途継続可否
- 建物の老朽化評価：耐震性・修繕積立・大規模修繕履歴
3. 個人所有不動産のM&A時整理パターン
院長個人所有の医院土地建物は、M&A時に以下の選択肢から決定します：
- ① 法人へ事前売却（個人譲渡所得税が発生・分離課税）
- ② 譲受側（新院長個人）へ売却（譲受側ローン併用が一般的）
- ③ 賃貸借契約を新院長と継続（不動産は院長個人保有のまま）
- ④ 法人化と同時譲渡（時間的余裕がある場合）
4. なぜ不動産連携体制が重要なのか
医療機関M&Aでは、医療法・税法・不動産法の各論点が複雑に絡みます。不動産取引のミスは譲渡価格を数千万円単位で下げかねず、譲渡側にとって取り返しのつかない損失となります。
適切な不動産会社との連携は必須ですが、外部に依頼すると情報共有のロスや責任所在の曖昧さが発生しやすく、譲渡側のストレスも増えます。CentralMedienceグループには医療M&A専門のM&Aメディカル × 不動産売買の専門会社 × 税理士・司法書士ネットワークが揃っており、ワンストップでスムーズな承継を実現します。
よくあるご質問
Q. 医療法人と院長個人で不動産所有が混在しています。整理は可能ですか？
A. 可能です。M&A前の所有形態整理（個人→法人または法人→個人）から、譲渡時の同時処理まで、CentralMedienceグループの税理士・不動産専門家が最適スキームを設計します。
Q. 賃貸クリニックでも譲渡できますか？
A. 可能です。貸主との同意取得・新賃借人との契約締結を含めて、当グループの不動産専門チームが全面サポートします。
Q. 地方の医療機関でも適正な不動産評価ができますか？
A. はい。地方案件の評価実績が豊富で、取引事例の少ない地域でも収益還元法・原価法を組合わせた現実的な評価を提供します。
Q. 譲受側への融資紹介も可能ですか？
A. グループ内の金融機関ネットワークを活用し、譲受側の資金調達もご支援可能です。
Q. 土地建物の評価だけでも依頼できますか？
A. 可能です。M&Aを前提としない単独査定にも対応しております。お気軽にお問い合わせください。
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CentralMedienceグループだから実現できるワンストップ承継支援。
よくある質問
医療法人M&Aにおいて、院長個人が所有する不動産はどのように扱われるのが一般的ですか？
一般的に、院長個人所有の不動産は、買収側医療法人へ売却するか、賃貸借契約を締結して継続利用するかの選択肢があります。売却の場合、売却益に対する課税が発生する可能性があります。賃貸の場合、安定した賃料収入が見込めますが、買収側は賃料負担を考慮します。どちらの形態も、M&A全体のスキームや税務、当事者の意向により最適な方法が異なります。専門家との相談を通じて、慎重に検討することが重要です。
院長個人所有の不動産を医療法人M&A時に譲渡または賃貸する際の税務上の注意点は何ですか？
不動産を譲渡する場合、譲渡所得税が発生する可能性があります。所有期間や取得費、売却額によって税額が大きく変動するため、事前の税務シミュレーションが推奨されます。賃貸の場合、不動産所得として課税対象となります。また、医療法人側が不動産を取得する際の不動産取得税や登録免許税、固定資産税の負担も考慮すべき点です。M&A全体の税務戦略の中で、最も有利な選択肢を見極めるため、税理士等の専門家への相談が不可欠です。
院長個人所有不動産の評価額は、医療法人M&Aの譲渡価格にどのように影響しますか？
院長個人所有不動産の評価額は、M&Aにおける医療法人の譲渡価格に直接影響を与える場合があります。不動産を売却する場合、その売却価格がM&A全体の資金調達や対価の一部となることがあります。賃貸の場合でも、賃料設定が医療法人の収益性や将来のキャッシュフローに影響するため、結果的に譲渡価格の算定に間接的に影響を与える可能性があります。適正な評価は、M&Aを円滑に進める上で極めて重要であり、不動産鑑定士等の専門家による評価が推奨されます。