📖 約 9 分 ／ 2026.05.08 更新
医療機関M&Aにおける不動産の重要性
医療機関のM&Aや事業承継において、診療所やクリニック、病院といった不動産は、その価値の大部分を占めることが少なくありません。厚生労働省の調査によれば、譲渡対価全体の30%から70%を不動産が占めるケースも珍しくなく、その評価や取り扱いの如何がM&A全体の成否、ひいては譲渡価格に数千万円単位の影響を与えることもあります。医療法人所有の建物か、院長個人所有の建物か、あるいは賃貸物件かといった所有形態の違いは、M&Aのスキーム設計や税務処理を複雑化させます。本記事では、医療機関M&Aに不動産が絡む場合の主要な論点、具体的なパターン、そして不動産連携の重要性について、医療M&A専門のM&Aメディカルが解説します。
医療機関M&Aにおける不動産が問題となる理由
医療機関のM&Aや事業承継において、診療所・クリニック・病院が立地する土地建物の取り扱いは、譲渡価格やスキーム設計に極めて大きな影響を与えます。譲渡の対象が「医療法人本体」なのか、それとも「事業のみ」なのか。そして、土地建物が「医療法人所有」なのか、「院長個人所有」なのか、あるいは「第三者からの賃貸」なのか。これらの組み合わせによって、実務上の対応は大きく異なります。例えば、医療法人本体を譲渡する場合、医療法人が所有する不動産は原則として医療法人本体と共に一括で譲渡されることになります。この場合、不動産価値は医療法人の純資産評価に直結するため、その適正な評価が譲渡価格を決定する上で極めて重要になります。一方で、院長が個人で土地建物を所有し、医療法人に貸し付けているケースも多く見られます。このような場合、M&Aの際には、個人所有の不動産を医療法人に売却してから法人ごと譲渡する、あるいは譲受側が直接個人から不動産を取得する、または賃貸借契約を新院長に引き継いでもらう、といった複数の選択肢が考えられます。どのスキームを選択するかによって、税務上の取り扱いや手続きの煩雑さが大きく変わってきます。また、建物の老朽化や耐震性の問題、周辺環境の変化による用途制限なども、不動産の評価額に影響を与える要因となります。これらの要因を正確に把握し、適切に評価・処理することが、M&Aを成功させるための鍵となります。
不動産が絡む医療M&Aの主要論点
医療機関のM&Aにおいて不動産が絡む場合、多岐にわたる論点を整理する必要があります。これらを事前に洗い出し、対応策を検討しておくことが、スムーズな取引の実現に不可欠です。
1. 所有形態の整理
まず、不動産の所有形態を正確に把握します。主な形態としては、医療法人自身が所有している場合、理事長や院長など特定の個人が所有している場合、親族が所有する法人、あるいは第三者から賃借している場合などが挙げられます。この所有形態によって、M&Aのスキームや税務処理が大きく変わります。
2. 不動産価値の適正評価
不動産の評価は、M&Aにおける譲渡価格の根幹をなします。路線価、収益還元法、取引事例比較法、原価法など、複数の評価手法を組み合わせ、客観的かつ適正な市場価値を算出することが重要です。特に、医療施設としての継続利用可能性や、周辺の商業施設・住宅地としての価値なども考慮に入れる必要があります。
3. 抵当権・担保の処理
医療法人が所有する不動産には、借入金の担保として抵当権が設定されていることが一般的です。M&Aの際には、これらの抵当権をどのように処理するかが問題となります。借入金を完済して抹消登記を行うのか、あるいは譲受側が新たな借入を行い、それに伴う担保設定を行うのかなど、スケジューリングを含めた検討が必要です。
4. 賃貸借契約の引継ぎ
第三者から物件を賃借している場合、M&A後も賃貸借契約を継続できるかどうかが重要です。貸主の同意を得ることはもちろん、必要であれば新たな賃貸借契約を締結します。その際、契約期間、賃料、原状回復義務の範囲などを精査し、譲受側が継続できる条件を確認する必要があります。
5. 不動産関連税務
不動産の譲渡には、譲渡所得税、登録免許税、不動産取得税といった様々な税金が関わってきます。M&Aのスキームによってこれらの税負担は大きく変動するため、税理士などの専門家と連携し、最適な税務プランを構築することが不可欠です。また、固定資産税の清算なども忘れずに行う必要があります。
6. 用途・建ぺい率・容積率の確認
不動産が所在する地域の用途地域、建ぺい率、容積率なども確認が必要です。将来的に医療施設としての利用が制限される可能性がないか、あるいは増改築の余地があるかなどを把握しておくことで、M&A後の事業継続性や発展性を評価できます。
7. 建物の老朽化評価
建物の築年数、耐震性、過去の大規模修繕の履歴、修繕積立金の状況なども、不動産価値に影響します。老朽化が進んでいる場合は、将来的な修繕費用や建て替えの必要性を考慮した評価が求められます。
| パターン | 不動産所有形態 | M&A時の主な選択肢 | 留意点 |
|---|---|---|---|
| A | 医療法人所有 × 自社建物 | 医療法人本体と一括譲渡 | 不動産評価が法人価値に直結。適正評価が最重要。 |
| B | 院長個人所有 × 法人賃貸 | ①個人不動産を法人へ売却→法人ごと譲渡 ②個人不動産を譲受側へ直接売却 ③賃貸借契約を新院長と継続 |
スキームにより税負担・手続きが大きく変動。個人資産の評価も必要。 |
| C | 第三者（ビルオーナー等）からの賃貸 | 貸主の同意取得、新賃貸借契約の締結 | 契約更新の可否、賃料条件、原状回復条項の確認が重要。 |
ケース別の不動産パターンとスキーム
医療機関のM&Aにおいて、不動産がどのように関わってくるかは、その所有形態によって大きく3つのパターンに分類できます。それぞれのパターンにおいて、M&Aのスキームや留意点が異なります。
パターンA：医療法人所有 × 自社建物
このケースでは、医療法人自身が事業用不動産（土地・建物）を所有しています。M&Aの対象が医療法人本体である場合、不動産は医療法人の資産として、事業用資産と共に一括で譲渡されることになります。これは比較的シンプルなスキームと言えますが、不動産価値が医療法人の純資産評価に直接反映されるため、その適正な評価が譲渡価格を決定する上で極めて重要となります。過大評価も過小評価も、後のトラブルにつながる可能性があります。
パターンB：院長個人所有 × 法人賃貸
このパターンは、クリニックの理事長や院長が個人で土地・建物を所有し、その不動産を自身の医療法人に賃貸している形態です。M&Aの際には、主に以下の3つの選択肢が考えられます。
- 個人不動産を医療法人に売却し、法人ごと譲渡する： 医療法人本体の譲渡と同時に、個人所有の不動産も医療法人に移管します。
- 個人不動産を譲受側（新たな院長個人など）へ直接売却する： 医療法人本体は譲渡しますが、不動産は譲受側の個人が別途取得します。
- 賃貸借契約を新院長と継続する： 医療法人本体は譲渡しますが、不動産は引き続き個人所有とし、譲受側の新院長が医療法人に賃貸する形で事業を継続します。
どの選択肢を選ぶかによって、税務上の取り扱い（譲渡所得税、法人税、消費税など）や、手続きの複雑さが大きく異なります。特に、個人資産の評価や、法人への売却時の価格設定には慎重な検討が必要です。
パターンC：第三者賃貸物件
このケースでは、クリニックの建物はビルオーナーなどの第三者から賃借している状態です。M&Aの対象は主に医療法人本体または事業のみとなりますが、事業継続のためには賃貸借契約の引き継ぎが不可欠です。まず、現在の貸主（ビルオーナー）がM&Aによる契約承継を認めるかどうかの確認が必要です。もし承継が認められる場合でも、譲受側との間で新たな賃貸借契約を締結することが一般的です。その際、賃料、契約期間、更新条件、そして特に原状回復義務の範囲などを詳細に確認し、譲受側が事業を継続する上で不利にならない条件で合意することが重要です。
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情報収集・整理
不動産の所有形態、権利関係、契約内容の確認 -
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専門家相談
M&Aアドバイザー、税理士、不動産鑑定士等へ相談 -
📝
評価・スキーム検討
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交渉・合意形成
譲渡価格、契約条件等の交渉・合意 -
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契約締結・実行
M&A契約の締結、登記手続き、残代金決済
なぜ不動産連携体制が重要なのか
医療機関のM&Aにおいては、医療法、税法、不動産法といった複数の専門分野の知識が複雑に絡み合います。特に不動産が関わる場合、その評価や権利関係の処理を誤ると、譲渡価格に数千万円単位の差が生じ、譲渡側にとって取り返しのつかない損失となりかねません。例えば、建物の老朽化による修繕費用の見落としや、賃貸借契約における原状回復義務の範囲の誤認などは、M&A完了後に大きな負担となる可能性があります。
適切な不動産会社との連携は不可欠ですが、外部の不動産業者に単独で依頼した場合、医療M&A特有の事情への理解不足から、医療法人の意向と乖離した提案がなされたり、情報共有のロスが発生したりするリスクがあります。また、責任所在が曖昧になり、問題発生時の対応が遅れる可能性も否定できません。
M&Aメディカルを運営する株式会社CentralMedienceグループでは、医療M&Aに特化した専門チームに加え、不動産売買の専門会社、さらには税理士や司法書士といった士業ネットワークとの緊密な連携体制を構築しています。これにより、医療機関のM&Aにおける不動産に関するあらゆる論点に対し、ワンストップで、かつ専門性の高いサービスを提供することが可能です。不動産評価からスキーム設計、税務処理、登記手続きに至るまで、グループ内でシームレスに連携することで、お客様のストレスを軽減し、スムーズで確実な事業承継を実現します。不動産が絡むM&Aだからこそ、信頼できる専門家集団にご相談ください。
【重要ポイント】 医療機関M&Aにおける不動産の評価・処理は、譲渡価格やM&Aの成否に直接影響します。専門知識を持つアドバイザーと連携し、慎重に進めることが成功の鍵となります。
M&Aメディカルでは、医療機関のM&Aに関するご相談を無料で承っております。不動産が絡む複雑な案件についても、経験豊富な専門家が丁寧に対応いたします。まずはお気軽にご相談ください。
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M&Aメディカルは、医療機関専門のM&A・事業承継支援サービスです。中小企業庁認定M&A支援機関として、後継者不足に悩むクリニックや医療法人の譲渡から、戦略的譲受までを成功報酬制で支援いたします。
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